Localizado en el delta del Río Neva, San Petersburgo se distribuye sobre tierra y 42 islas de ríos y es dividido por más de 60 ríos y 20 canales. Un estrecho de 32 Km. del Río Neva pasa por los bordes de la ciudad. Más de 300 puentes conectan la varias partes de la ciudad que son separadas por el cuerpo de agua. Mientras que la ciudad en si ocupa alrededor de 600 Km. cuadrados, el área metropolitana de San Petersburgo cubre alrededor de 1500 Km. cuadrados. San Petersburgo se divide en 21 distritos administrativos, incluyendo 5 suburbios. La mayoría de la industria de la ciudad esta localizada en las afueras de la ciudad. Los muelles se encuentran en el oeste, hacia el Golfo de Finlandia.

Las áreas comerciales se encuentran en el centro de la ciudad, cerca de Nevsky Prospekt, el boulevard comercial famoso por sus grandiosos edificios y sus grandes tiendas por departamento. Situado en el banco sur del Neva y circunscrito en el este y el sur por el Río Fontanka esta el Admiralty District, el eje de la ciudad, donde las principales avenidas del centro de San Petersburgo se unen. El distrito hospeda al fuerte y puerto Admiralty. Más arriba del fuerte se encuentra la Plaza del Palacio, donde se encuentra el Palacio de Invierno. El Palacio de Invierno ahora hospeda el mundialmente famoso Museo Hermintage. Directamente al otro lado del distrito Admiralty esta la Isla Vasilevsky, la más grande de las islas en el Neva y hogar del Museo Naval.

Más arriba en el río, en la Isla Zayachy, esta la Fortaleza de Peter y Paul. Fue construida en 1703, antes de que la construcción de la ciudad comenzara. La fortaleza era utilizada para guardar prisioneros políticos hasta principios del siglo XX. La Catedral de Peter y Paul, localizada dentro de la fortaleza, es el lugar donde entierran a los tsares y el edificio histórico más alto en la ciudad (400 pies). El centro de mando del gobierno municipal de San Petersburgo esta localizado en el Palacio Mariinsky, el cual fue construido en 1844 en la Plaza de San Isaac en el distrito Admiralty para la Maria, la hija del Emperador Nicolás I. Además en la Plaza de San Isaac esta la Catedral de San Isaac, la cual fue construida entre 1768 y 1858. Hacia el este del distrito Admiralty esta el Instituto Smolny, fundado por Catarina la Grande en el 1700 para servir como escuela para niñas de alta sociedad. El edificio actual hospedó el primer gobierno ruso desde el día en que tomaron el poder en octubre de 1917 hasta marzo de 1918. El Smolny ahora hospeda las oficinas del gobernador de la ciudad.

El área metropolitana de San Petersburgo también hospeda algunos de los lugares históricos más renombrados de Rusia. Entre ellos se encuentra la villa real de Tsarskoye Selo (ahora Pushkin), donde esta localizado el Palacio de Catarina. Pushkin esta situado a 27 Km. al sur de San Petersburgo. A menos de 2 Km. al sur de Pushkin se encuentra Pavlovsk, hogar del Gran Palacio del Emperador Paul I (construido desde 1782 a 1786). En el Golfo de Finlandia, a 40 km al oeste de San Petersburgo, esta la antigua residencia imperial de Petrodvorets, nombrado así por el fundador. Complejos de casas a gran escala fueron construidos en las afueras de la ciudad en el periodo anterior a la Segunda Guerra Mundial. Estas residen a gran parte de la población de San Petersburgo. Aunque muchas de las unidades están equipadas con agua, electricidad y teléfono, las residencias están abarrotadas y pegadas.